Mit der Stilllegung der alten Deponieabschnitte beginnt auch die Zeit der intensiven Nachsorge. Ab dem Zeitpunkt der Stilllegung übernimmt der BAV diese Aufgabe bis zur offiziellen Entlassung aus der Nachsorge. Da die notwendige Nachsorge mit den erforderlichen Umweltstandards sehr kostenintensiv ist, kalkuliert der BAV seit der Existenz der Deponie Leppe dementsprechende Rückstellungen ein.

Bereits 2002 erhielten Teile der Deponie eine Zwischenabdeckung für die spätere Stilllegung. Nachdem die Hauptsetzungen abgeklungen waren, konnte mit der endgültigen Oberflächenabdichtung begonnen werden. Inzwischen sind die alten Deponieabschnitte abgedichtet und rekultiviert. Das schützt sie vor Erosion und sorgt dafür, dass Regenwasser gleichmäßig aufgenommen wird. Zur Deponienachsorge gehört neben der Oberflächenabdichtung, auch die Überwachung der Sickerwässer und Deponiegasproduktion sowie die Sickerwasseraufbereitung.

Neben den gängigen Stilllegungsmaßnahmen, erfolgten zur Regionale 2010 umfangreiche Umbaumaßnahmen. Im Rahmen des Projekts :metabolon entwickelte sich die Deponie zum Innovations- und Zukunftsstandort für Umwelttechnologie und einem beliebten Freizeitort in der Region.